Το ορφανοτροφείο χτίστηκε το 1828 από τον πρώτο κυβερνήτη της Ελλάδας Ιωάννη Καποδίστρια και λειτούργησε τον Μάρτιο του 1829. Για την ανέγερσή του δούλεψαν πάνω από 2.000 εργάτες, με χρήματα κυρίως από δωρεές Ελλήνων και φιλελλήνων του εξωτερικού. Ο κυβερνήτης συγκέντρωσε πάνω από 500 ορφανά παιδιά που ζητιάνευαν μέχρι τότε. Οι πρώτες τεχνικές σχολές που λειτούργησαν εκεί όπως σιδηρουργίας, υποδηματοποιίας, ραπτικής, ξυλουργικής και άλλες προσέφεραν όχι μόνο εκπαίδευση αλλά και κοινωνική πρόνοια. Οι μαθητές εκεί εξασφάλιζαν τροφή, ρούχα και μάθαιναν γράμματα και πρακτικές τέχνες.

Το 1934 το ορφανοτροφείο έκλεισε και χρησιμοποιήθηκε από το κράτος για διάφορες χρήσεις μέχρι το 1880 όπου μετατρέπεται σε φυλακές με όχι και τόσο καλή ιστορία αφού λειτουργεί για την φυλάκιση πολιτικών κρατουμένων.

Το 1985 οι φυλακές κλείνουν και το υπουργείο Πολιτισμού κηρύττει το κτίριο διατηρητέο. Μετά από πολλές μελέτες το κτίριο αποκαθίσταται σταδιακά και επανακτά την αρχική του μορφή διατηρώντας στο εσωτερικό του όμως τα κολαστήρια των φυλακών.